Под яшмами в широком смысле понимаются состоящие из скрытокристаллического кремнезёма породы (около 80-90 объёмных %), которые содержат многочисленные минеральные примеси, в том числе и красящие (эпидот, хлорит, актинолит, окислы железа, марганца, цинка, хрома и пр.). Эти породы могут образовываться за счёт метаморфической переработки осадочных образований, в значительной степени кварцсодержащих, вулканитов кислого состава, а также вулканогенно-терригенных комплексов.

Каменная "живопись" яшм связана как с окраской хроматофорами унаследаванных первично полосчатых или сферолитовых образований, так и с появлением в породах трещин и полостей, которые могут заполняться кварцем, хлоритом, гематитом, дендритами минералов оскидов железа и марганца и др.

Мраморы и ониксы являются продуктами перекристаллизации первично осадочных карбонатных пород, и очень часто рисунки в них образуются благодаря тектоническим процессам, когда за счёт смещений вдоль трещин первичной полосчатости появляется своеобразное "руинное" строение, или эти трещины служат проводниками растворов, содержащих многочисленные красящие вещества.

Дендритовые агрегаты образуются в породах разного состава - халцедонах, яшмах, маргелях, нефритах ипр. С кристаллографической точки зрения это один из вариантов так называемого скелетного роста кристаллов. При определённых условях вместо объёмных зёрен формируются игольчатые или пластинчатые выделения минералов, которые притягиваются друг к другу, образуя своеобразные "кусты, деревья и целые заросли". Особенно эффектно эти "леса" смотрятся на фоне разноокрашенной матрицы первичного минерала.

Существует несколько точек зрения на причины появления игольчатых кристаллов. Из наиболее вероятных следует признать недостаточность пространства, действительно дендриты растут по трещинам в породах и минералах, и недосыщенность поступающих растворов компонентами, которые отвечают за формирование минеральных зёрен.

Большинство агатов формируется за счёт полостей, образующихся в вулканических (излившихся) горных породах. Халцедоновое вещество поступает в такие полости пульсационно, на разных этапах может содержать разные красящие примеси. По мере формирования агатов могут меняться и физико-химические условия окружающей среды. В результате в агатовых полостях помимо полосчатого халцедона появляются кристаллические агрегаты кварца, кальцита, хлорита и других минералов, а также автономные центры или дополнительные пустоты. Всё это вместе со сложными контурами первичных полостей может создавать очень необычные причудливые рисунки.

В пустотах осадочных пород очень часто образуются так называемые кремни, механизм появления разноокрашенных полос здесь такой же как и у агатов.